آزمون پذیرش رشتههای تخصصی سطح چهار فقه مقارن، کلام جدید و رشتههای تخصصی سطح سه تفسیر و علوم قرآن، علوم و معارف حدیث و فلسفه و کلام اسلامی از سوی مرکز تخصصی آخوند خراسانی برگزار می‌شود.
مرکز تخصصی امام‌شناسی، با پشتوانه بیش از یک دهه فعالیت جامع در حوزه تخصصی امامت، از میان طلاب برای سال تحصیلی 1402-1403 در سطح 2 و 3 و 4 دانش‌پژوه می‌پذیرد.
مرکز تخصصی معارف اهل بیت علیهم السلام برای نهمین سال متوالی دوره‌های تخصصی خود را در حوزه‌های کلام و حدیث در سطح 3 و 4 حوزه‌های علمیه برای برادران طلبه برگزار می‌نماید.
دانشگاه قرآن و حدیث از میان طلاب واجد شرایط (برادران و خواهران) از طریق آزمون ورودی اختصاصی، برای نیم‌سال اول سال 1402-1403 در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری دانشجو می‌پذیرد.
هم‌زمان با هفته پژوهش، در هشتمین جشنواره پژوهشی پژوهشگاه قرآن و حدیث و آیین گرامی‌داشت هفته پژوهش دانشگاه از تازه‌های نشر پژوهشگاه رونمایی شد.
مرکز تخصصی آخوند خراسانی برای سال تحصیلی 1401، در رشتههای تخصصی سطح سه شامل تفسیر وعلوم قرآن، علوم و معارف حدیث، اخلاق و تربیت اسلامی، فلسفه و کلام اسلامی و کلام مقارن و سطح چهار شامل فقه مقارن و کلام جدید دانشجو می‌پذیرد.